1、选用质量合格的微生物肥料质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。　

    2、创造适宜的土壤环境土壤过分干燥，应及时浇灌。大雨后要及时排除田间积水，改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。　　

    3、配好选择菌肥有些菌肥只含有根瘤菌，那就只能在豆科作物上应用。有的菌肥只含钾细菌(硅酸盐菌肥)，对缺钾土壤和作物效果较好，但对氮、磷贡献就太小了，所以选择菌肥时要因种而异。　　

　　根据生物肥料的资料显示，在使用过程中一般要求注意以下几个问题： 　　

　　一是使用生物肥料要求一定的环境条件和栽培措施，以保证微生物生长繁殖所需要的环境条件，使肥料充分发挥作用； 　　

　　二是生物肥料一般不能单独施用，一定要和化肥、有机肥配合施用，只有这样才能充分发挥生物肥料的增产效能； 　　

　　三是在生产、运输、贮存和使用过程中注意杀菌条件。 　　

　　利用土壤中一些有特定功能的细菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保护生态环境等明显的生态效益，是21世纪生态农业的首选肥料。但长期以来，由于一些菌肥效果不稳定，菌数少，无效和有害的杂菌多，细菌在土壤中成活率低，造成菌肥对作物增产的效果不理想，一般农民都不爱使用。