马铃薯贮藏的主要问题是：贮藏期间窖内温度高而引起伤热发芽，发芽后的马铃薯块茎品质大大降低，使淀粉含量下降，在马铃薯的芽眼部位形成大量的茄碱苷，如茄碱苷的含量超过0.2%会使人中毒。其次是马铃薯在贮藏期间的腐烂和受冻，以及长形薯基部腐烂。因此，在采收和贮藏中避免机械损伤是关键。在贮藏中保持适宜的低温和良好的通风可减少发病，还可用仲丁胺熏蒸、辐射等方法减少腐烂。　　
    春薯适时早收有利于贮藏，收晚了遇到高温和大雨，薯块易腐烂。秋季生产的马铃薯一般耐贮藏性较好。用于贮藏的马铃薯宜选沙壤土栽培，增施有机肥控制氮肥用量，收获前10-16天控制浇水。　　
    马铃薯富含淀粉和糖，在贮藏中两者能相互转换化。在0摄氏度时，淀粉水解酶活性增强，薯块内单糖积累，薯块变甜，食用品质不佳，加工品变褐，而且容易发生冻害。如果贮温提高，单糖又合成淀粉，但温度过高淀粉水解成糖的量也会增加。当温度高于30摄氏度和低于0摄氏度时，薯心容易变黑。适宜温度为3-5，湿度为80%-85%