芹菜心叶变黑、变褐的现象可能由多种原因造成，根据症状明确病因、对症治疗，才能取得理想效果。 
    心腐病 发病初期芹菜心叶叶脉间变褐，叶缘细胞逐渐坏死，呈黑褐色，最后心部腐烂。这是由缺钙引起的生理性病害。连作田块不注意施用钙肥；雨水冲失土壤中有效的钙素；植株施氮过多、缺乏水分供应或发生根腐病、根结线虫病，根系不能正常吸收钙素，这些因素均能造成缺钙。防治方法：施用钙素含量较高的肥料；及时浇水和防治病虫；发现缺钙后及时喷施叶面肥补钙，同时每隔20天喷施一次0.2％磷酸二氢钾液。
    缺硼 发病初期叶柄异常肥大、短缩，并向内侧弯曲。弯曲的部分内侧组织变褐，逐渐龟裂，叶柄扭曲以至劈裂，严重时幼叶边缘褐变，心叶坏死。这是由缺硼造成的生理性病害。不少地区由于长期单一种植需硼量大的作物，土壤中有效硼含量偏低，加上不注意施硼肥，发病较普遍。防治方法：播前每亩施多元硼肥1公斤作基肥，生长前期叶面喷施0.1%～0.3%多元硼肥水溶液2～3次。
    黑腐病 病状多发生在根颈部和叶柄基部，有时也危害根部。病部变黑腐烂，其上生许多小黑点。植株生长停滞，外部1～2层叶片因基部腐烂而脱落。该病为真菌性病害，除通过选用抗病品种、种子处理、科学管理等农业措施防治外，在发病初期可用50％甲基托布津可湿性粉剂500倍液或可杀得（77％氢氧化铜可湿性粉剂）500倍液喷雾防治。