最近几年，由于各级政府大力推动，农村沼气蓬勃发展，成为发展生态循环农业、促进农民增收致富的重要途径。在实际运作中发现以下问题亟待解决：
    1、沼气安全管理急需加强。一个600立方米的沼气罐，如果不加强严格的监测和管理，稍有闪失，极易发生重大安全事故。沼气安全不出事是大幸，出事就是大事，不可马虎。
    2、设备维护缺位。用沼气的农家都装上了齐全的沼气装置，沼气灶却半天打不着火，主要原因是设施平时维护不够，老化严重。这类沼气的炉灶及附属配件老化的问题，在一些推广沼气较早的地方比较普遍。另外，很多农户的沼气池使用了两三年，却没有清理过一次沼渣，这会影响到沼气池的使用效率。
    3、土地流转规模限制沼气的发展。现在，有些大型养猪场沼气原料充足，想建大型沼气池，形成规模向周边农户集中供气，并综合利用以发挥最大效益，但苦于没有土地。为此，他们急需当地政府出面通过土地流转解决问题。
    4、沼气发展缺乏合理规划。有个别地方的沼气发展存在分散化、无序化问题。有专家建言，沼气发展必须科学、整体规划，示范引路，分步推进，避免走错路、走弯路。