1、沤根 在哈密瓜育苗期常见。主要因地温较低，土壤湿度过大（由于浇水不均或苗床不平而引起个别地方积水）且持续时间长引起。使根际缺氧，幼苗呼吸受阻，吸水能力过低。在发病初期根部呈黄锈色，后逐渐变黏腐烂，次生根发生很少，出根很慢。病情较重时，地上部分萎蔫，停止生长。
    2、烧根 苗期哈密瓜瓜幼根组织柔嫩，施用未腐熟的有机肥，或化肥用量过多，土壤溶液浓度过大，一般浓度超过1%易引起烧根。其幼苗矮小，叶片暗绿色无光泽，顶叶皱缩，根部须根短小，根尖发黄，但不烂根。
    3、秧苗徒长 由光照不足、温湿度过高引起。主要症状是茎纤细，节间长，叶薄、色淡绿，根系小。由于根系小而吸收能力弱，茎表面的角质层不发达，水分蒸腾量大，所以秧苗易失水萎蔫。另外，徒长苗体内含氮量较高，碳水化合物含量较低，易发生病害。
    生理性病害能影响瓜苗的生长和发育，给病菌的侵染提供机会，从而并发侵染性病害。因此，防治苗期的生理性病害不但有利于瓜苗的健壮生长．而且能增强幼苗的抗病性，防止侵染性病害的发生。