引发贝类大规模死亡的生物性病原，主要是附着生物、赤潮生物、原生动物、细菌、立克次氏体和病毒。养殖环境和方式造成贝类大规模死亡的原因有：①环境异常，主要是指台风、淡水团、冷水团和异常高低温等灾害性海洋物理现象；②近些年来，近海水域环境污染严重，生物病原滋生，给养殖业带来了严重的后果；③海区局部养殖过度，环境供饵不足；④养殖结构单一，生态失衡，局部海域养殖种类多样性低，盲目追求养殖种类的“两高一优”，造成养殖品种过于单一；⑤种质脆弱，难以适应目前的养殖环境。我国海水养殖的贝类基本上都是野生型的，未经过家化过程的选择，因而除了保留野生型对环境温度等变化适应性较强的优点外，更多地表现为对养殖环境变化的不适应性，如密度变化、营养条件、病原体的侵害和恶化的水环境等。