作物种子的萌发分为吸胀、萌动和发芽等3个阶段。首先，种子吸收水分膨胀达饱和，贮藏物质中的淀粉、蛋白质和脂肪通过酶的活动，分别水解为可溶性糖、氨基酸、甘油和脂肪酸等。这些物质运输到胚的各个部分，经过转化合成胚的结构物质，从而促使胚的生长。生长最早的部位是胚根。当胚根生长到一定程度时，突破种皮,露出白嫩的根尖，即完成萌动阶段。之后，胚继续生长，禾谷类作物当胚根长至种子等长，胚芽长达到种子长度一半时，即达到发芽阶段。在田间条件下，胚根长成幼苗的种子根或主根，胚芽则生长发育成茎、叶等。作物在萌发过程中因下胚轴伸长与否，可分成子叶出土、子叶不出土和子叶半出土。禾谷类作物的根颈是调节分蘖节的重要器官，有的作物根颈可随播深加深而按比例增长，有的作物根颈较短。在生产上确定播种深度时，应考虑到该作物子叶是否出土，以及根颈长短这些因子。　　
    以块根繁殖的甘薯，依靠块根薄壁细胞分化形成的不定芽原基的生长发育，突破周皮而发芽。马铃薯的发芽，则是由茎节上的休眠芽在适宜条件下伸长并长出幼叶。