无公害农产品的认证机构，由国家认证认可监督管理委员会审批，并获得国家认证认可监督管理委员会授权的认可机构的资格认可后，方可从事无公害农产品认证活动。（在我省由云南省绿色食品发展中心进行受理） 
    1、申请无公害产品认证的单位或者个人（以下简称申请人），应当向县（市）级管理机构提交书面申请，书面申请应当包括以下内容：（一）申请人的姓名（名称）、地址、电话号码；（二）产品品种、产地的区域范围和生产规模；（三）无公害农产品生产计划；（四）产地环境说明；（五）无公害农产品质量控制措施；（六）有关专业技术和管理人员的资质证明材料；（七）保证执行无公害农产品标准和规范的声明；（八）无公害农产品产地认定证书；（九）生产过程记录档案；（十）认证机构要求提交的其他材料。
    2、县（市）级管理机构对申请材料初审，合格的报省级机构审核，材料审核不符合要求的，应当书面通知申请人。
   3、符合要求的，省级认证机构可以根据需要派员对产地环境、区域范围、生产规模、质量控制措施、生产计划、标准和规范的执行情况等进行现场检查。现场检查不符合要求的，应当书面通知申请人。
    4、材料审核符合要求的、或者材料审核和现场检查符合要求的，省级认证机构应当通知申请人委托具有资质资格的检测机构对产品进行检测。承担产品检测任务的机构，根据检测结果出具产品检测报告。
    5、省级认证机构对材料审核、现场检查和产品检测结果符合要求的，推荐上报农业部农产品质量安全中心相关分中心；申请材料不合格的，书面通知申请人。
    6、对材料审查、现场检查（需要的）和产品检验符合要求的，由各分中心报农业部农产品质量安全中心。中心负责组织专家进行全面评审，并作出认证结论。符合颁证条件的，由中心主任签发《无公害农产品认证证书》；将其颁发的认证证书副本同时报农业部和国家认证认可监督管理委员会备案，由农业部和国家认证认可监督管理委员会公告。不符合颁证条件的，由中心书面通知申请人。
　　7、《无公害农产品认证证书》有效期为3年，期限满后需要继续使用的，证书持有人应当在有效期满前90日内按照程序申请续展。