浸种的方法主要有清水浸种、热水浸种、药水浸种和微量元素浸种等。
    （1）清水浸种将种子浸入到清洁的常温水中，最好是用井水，水温可调至20～30℃。种子投入到清水后，要捞去浮在水面的瘪子、果皮等物，再换清水浸泡。浸种所使用的工具和清水不能有油污，否则影响种子呼吸。浸种时水的用量不可过多，以种子全部浸没或水面略高于种子为宜。种子吸水后逐渐膨胀，等种子充分吸胀时，浸种工作结束，再反复多次搓洗，除去种皮外的粘液，用清水洗净。晾干后，以手摸清爽，不粘手，籽粒间不粘连为度。辣椒浸种时间为8～12小时，浸种时间的长短与水温有关，在一定范围内，随温度的增高，种子的吸水速度也加快。
    （2）热水浸种热水浸种前，先将种子放在常温水中浸15分钟，可促使种子上的病原菌萌动，易烫死，然后将种子投入55～60℃的热水中烫种15分钟，水量为种子体积的5～6倍。烫种过程中要及时补充热水，使种子受热均匀，要不断搅拌，直至水温降到30℃左右时才可停止搅拌，也可在达到烫种时间后将种子转入30℃的温水中继续浸泡4小时。处理时要用温度计一直插在热水中测定水温，以便随时按要求调节。种子量较少时，可先将种子装在纱布袋中，烫种时连袋浸入水中，达规定的时间后可迅速将种子转入30℃的温水中继续浸泡；种子数量较多时，可用细孔网篓代替纱布袋。
    （3）药水浸种采用药水浸种时，应严格掌握药水的浓度和浸种时间。种子浸入药水前，要用温清水先预浸4～5小时，种子在药水中浸过后要立即多次用清水冲洗。