有害生物综合治理是建立在生态学基础上的有害生物防治策略，它主要依赖自然致死因子，如天敌等，并寻找尽可能不对这些因子产生破坏的防治方法。有害生物综合治理也使用农药，但只是在对有害生物种群和自然控制因子进行的系统监测表明确有需要之后才使用。有害生物综合治理要考虑到所有可行的有害生物防治措施，包括综合评价各种防治技术、栽培技术、气象、其他有害生物和要保护的作物之间的相互作用和影响。其要点是在对人类健康、环境和非靶标生物的影响最小化的前提下，长期预防与控制有害生物危害。