在小麦的生产过程中，增施有机肥对提高产量、改善品质、提高化肥的利用率都非常重要。研究表明，在小麦产量从高产到实现超高产(550公斤以上)的过程中，有机质、氮、磷、钾等因素中与产量相关性最好的是土壤有机质含量，在同一类型的土壤中，有机质含量越高，土壤的物理化学性状，保肥、保水、供肥性能也越好。
    一、有机肥营养全、肥效长　有机肥料含有作物需要的所有养分，其中尤以磷、钾素和微量元素为多，是农作物营养元素的重要补给源。其中的养分在土壤中逐渐分解，能较长时期地供给农作物矿质养分、有机养分和二氧化碳。
    二、有机肥是培肥改土的重要物质　有机肥料是提高土壤有机质含量、更新土壤腐殖质组成、培肥土壤、提高土壤保肥保水供肥性能、改善土壤热量状况、形成良好土壤环境的物质基础。同时，还能降低土壤对磷的吸附，提高土壤磷的解吸能力。有机肥在分解过程中产生的腐殖酸与土壤中各种阳离子生成腐殖酸盐，腐殖酸和腐殖酸盐形成一种缓冲溶液，可调节土壤的酸碱性，进而为农作物的正常生长发育创造良好的环境条件。
    三、有机肥可提高解毒效果，净化土壤环境　有机肥的解毒原因在于有机肥能提高土壤阳离子代换量，增加了土壤对重金属和有毒物质的吸附和络合作用。如，有机质的中间产物与镉的整合作用形成稳定性络合物而解毒；有毒的可溶性络合物可随水下渗出农田，提高了土壤自净能力。有机肥一般还能减少铅的可给性，增加砷的固定等。例如，增施鸡粪或羊粪等有机肥后，土壤中的有毒物质对作物的毒害性可大大减轻或消失。
    四、有机肥可提高土壤的生物化学活性　有机肥可为微生物提供能量和养分，对增加和活化土壤微生物具有重要的作用。特别是家禽粪便的酶活性特别高，是土壤酶活性的几十到几百倍，有利于土壤微生物和小麦的生长发育。
    有机肥与化肥配合施用是我国合理施肥的基本方针，有利于节约资源、保护和改善农田生态环境、培肥土壤、提高农作物产量、改善农作物品质和促进农业的可持续发展。有机肥虽然营养元素含量全，但含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。而化肥营养元素的含量高，肥效迅速，可根据农作物需要量的多少，进行针对性地补充，但肥效短。有机肥与化肥配合施用，二者取长补短，发挥各自的优势，即可满足农作物对各种营养元素在数量和时间上的需要。有机肥与化肥配合施用，还可提高化肥的利用率。