辣椒主要病虫害有辣椒疫病、辣椒根腐病、辣椒病毒病、茶黄螨、烟青虫等，综合防治措施有：选种抗病品种可防治甜椒、病毒病、辣椒青枯病和疫病等；与非茄科作物或水稻轮作，是防治病害的重要措施；做好种子消毒和苗床处理培育无病壮苗，如温汤浸种消毒或药物拌种消毒，苗床药剂消毒等措施，培育健壮无病苗，减少病害的发生；注意清洁田间杂草，病残体、蔬菜收获后的残余组织和枯枝落叶；采用高畦深沟种植，田间挖好排水沟，防止雨季积水；增施磷钾肥及叶面肥，促进植株健壮生长，提高抵抗力；保持田间良好的通风透气条件，保持土壤和田间适度干湿条件，以造成不利病虫生长发育的环境条件，减少病虫害的发生；利用天敌和生物防治；在病害初始期和害虫的盛孵期利用高效、低毒、低残留和选择性较强的农药进行交替、轮换防治。