病虫害防治以 “预防为主，综合防治”为原则。以农业防治为基础，提倡生物防治，按照病虫害发生规律科学合理使用化学防治技术。农药的施用必须符合《绿色食品农药使用准则》(NY／T 393—2000)。宜选择最佳用药时期，减少用药次数；同时注意药剂的交替使用，合理混用，以延缓病菌或害虫抗药性的产生。　　
    （1）病害防治  藠头主要病害有霜霉病、疫病、紫斑病和病毒病等。农业防治：选用无病无虫种藠作种，轮作倒茬，实行水旱轮作。药剂防治：除采用药剂进行种苗消毒外，霜霉病可选用1：1：240～300的波尔多液、50％百菌清可湿性粉剂600倍液或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液喷雾防治。紫斑病、疫病选可用70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液,72．7％普力克水剂800倍液或58％甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治。病毒病发病初期可喷1．5％植病灵Ⅱ乳剂1000倍液或抗毒丰250—300倍液，连续用药2～3次，7～10 天1次。　　
    （2）虫害防治  藠头主要虫害有葱蓟马、茶褐螨、刺足根螨、蚜虫及根蛆。　　
    葱蓟马：以4～5月危害较重，可用1．8％害极灭乳油2000倍液、1．8％爱福丁乳油2000倍液、2．5％菜喜3000倍液或2．5％辉丰菊酯乳油2000倍液在成虫、若虫发生盛期喷雾防治。　　
    茶褐螨、刺足根螨：可选用48％乐斯本乳剂1000倍液、2．5％鱼藤酮乳油250～500倍液、或15％哒螨灵乳油500～1000倍喷雾防治。　　
    蚜虫：可用25％蚜虱绝2000～3000倍液、10％吡虫啉3000～4000倍液、15％蓟蚜净2000倍液等喷雾防治。也可采用黄板诱杀方法，即用100 cm宽的纸板，涂上黄色，同时涂一层机油；或用黄色粘虫胶纸，悬挂在行间或株间，高出植株顶部，悬挂30-40块／亩，当黄板上粘满蚜虫时，再重涂一层机油，一般7～lO 天重涂一次。　　
    根蛆：选择在幼虫危害盛期防治，每亩用48％乐斯本乳剂200 mL兑水1000 kg灌根；或在成虫羽化盛期用2．5％溴氰菊酯3000倍液喷洒畦面，直接杀死成虫。　　
    病虫害防治禁止使用高毒高残留农药：甲胺磷、对硫磷（1605）、甲基对硫磷（甲基1605）、马拉硫磷、久效磷、甲拌磷（3911）、氧化乐果、克百威（呋喃丹）、涕灭威（铁灭克）、三氧杀螨醇等。建议不使用出口受阻农药；氯氰菊酯、乐斯本（毒死蜱、达奔本），并严格遵守农药安全间隔期，采收前10天内禁止使用任何农药。