棉花烂铃病是由棉铃在适宜条件下受多种病原菌的侵染而形成的。引起棉铃腐烂的病害主要有疫病、炭疽病、红腐菌、红粉菌等。按照病菌的寄生能力可分为强寄生性病菌和弱寄生性病菌。强寄生性病菌能直接侵入棉铃危害。如：棉铃疫病、炭疽病等；弱寄生性病菌需通过伤口才能危害棉铃。如：红腐菌、红粉菌。
在田间病菌的侵染过程中，强寄生性病菌侵入棉铃造成伤口后，弱寄生菌或腐生菌随之侵入，而形成复合侵染，危害更为严重。在棉铃刚开裂时，如果恰逢下雨，弱寄生性病菌也可在铃缝和铃面大量孳生危害。此外，棉铃虫等害虫危害造成的伤口，也常引起弱寄生菌类繁衍危害。虫害越严重的棉田，铃病也越严重。