这项创新工程是国家长期重大工程，规划分三个阶段。

　　第一阶段是2013年至2015年，重点推行机制改革创新，逐步建立以绩效管理为核心的人才团队建设、科研管理等考核、评价、激励新型管理制度，优化资源配置，提升创新能力。

　　第二阶段从2016年至2020年，重点开展试点期绩效评估总结，进一步调整优化创新工程任务，全面实施创新工程各项新型管理制度，形成“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，创新能力大幅提升，基本建成“世界一流农业科研院所”。

　　第三阶段从2021年至2025年，重点健全完善国际领先的农业科研组织方式，凝聚一批世界知名的农业科学家，建立完善一批世界领先的创新平台，建立完善遍布全球的科技合作网络，创新能力全面提升，全院整体进入世界一流农业科研院所行列。

　　农业部副部长、中国农科院院长李家洋在启动仪式上说，科技创新工程将构建“学科集群—学科领域—研究方向”三级学科体系，从根本上解决各研究所科研方向分散重复的问题，优化创新资源配置，提高全院的创新能力和创新效率。

　　李家洋表示，同时，尊重农业科研规律，以稳定支持为特征，按照学科发展方向和国家重大科技创新需求，确定各学科和研究方向的重点任务，长期稳定开展研究活动。