茭白选种非常重要。选种不合理和不及时均会严重影响生产，造成茭白种性退化，茭白不孕茭、孕畸形茭等。因此，确定选种目标，进行系统的茭白选种，对提升茭白产业具有重要的意义。
    安溪县龙门镇种植的茭白，品种为“安溪早茭白”，属于春季种植夏、秋两收的双季茭白，夏茭的收获期在4月下旬至7月上旬，秋茭的收获期在8月下旬至10月中旬。选种宜在秋茭期进行，以墩头留种为好。一般选种2次，分别在9月上旬、10月上旬。选种的标准是茭白植株生长整齐，株高中等；苔管短、孕茭率高、孕茭期集中、结茭整齐成熟一致；丰产性好，每墩结茭10个以上、单茭重100克以上；茭肉肥大白嫩品质好、整墩无灰茭和雄茭，病虫害发生程度轻，符合品种特征特性，将其作为入选种株，将中选的茭墩做上标记，于采收结束后，或在原田越冬或挖出进行假植寄秧，寄秧墩距掌握在20厘米，行距50厘米。第二年3月上旬，茭种萌芽后，移栽前再次除去其中长势过旺的墩头分墩作种。茭白因有黑粉菌共生，而表现种性不稳定，必须每年选种及去杂去劣，才能保持其优良种性。