连云港市现有食用菌生产企业80多家，年生产食用菌产量20多万吨，食用菌面积2200平米，占全国工厂化生产食用菌的10%。发展最快的灌南县已成为全国食用菌工厂化生产示范县、全国食用菌行业优秀基地县、江苏省食用菌产业基地县等。以连云港国鑫为代表的食用菌生产企业实现基质搅拌、装瓶、灭菌、接种以及生长室内的温度、湿度、二氧化碳浓度的全部自动化控制，自动化程度很高。

水产养殖颇具特色。连云港市紧临黄海，又有湖泊，海、淡水养殖都较发达。赣榆县的沿海乡镇、东海县的沿湖区域，水产养殖发达，机械化、自动化程度都高。位于赣榆县海洲湾现代渔业园区内一水产养殖有限公司，以水产品工厂化养殖、销售为主，建有海珍品生态养殖场10000平方米，主要从事半滑舌鳎、星斑川鲽、大菱鲆等的工厂化养殖。配套有先进的水处理循环系统，配备设施包括多功能蛋白质分离器6台套、弧形筛2套、臭氧发生器1套、生物填料、渠道式紫外线杀菌装置1台套、高效溶氧器2台套、管道水泵及安装管件等。养殖过程中，引进了先进的微孔增氧设备，设备包括罗茨鼓风机3台、微孔曝气管1000米、管道500米，实现养殖池水的均匀增氧。有溶氧效率高、改善养殖水体环境、提高放养密度、增加养殖产量、降低能耗、使用安全等优点，且操作方便。同时养殖场机械设备还有7.5千瓦的水泵10台及发电机组两套。养殖场车间共有养殖池160个，年可产半滑舌鳎鱼25吨、大菱鲆、星斑川鲽67吨。产值1200万元，利润450万元。象这样的水产养殖专业化、产业化公司，全市有近50个。

截至2012年底，连云港全市增氧机拥有量12449台，投饵机拥有量8140台，其中仅2012年新增的增氧机、投饵机数量就达6100多台。水产养殖机械化水平显著提升。