微生物农药因其对于人畜安全无毒，不杀伤害虫的天敌和有益生物，使用后无残留，不会污染环境，不易产生抗药性 等优点，在当前蔬菜、水果等农作物栽培中，越来越受到重视。然而，由于使用不当，结果常“事与愿违”。 使用微生物农药应注意以下几个方面，才能发挥好微生物农药防治效果。 　　
    一施用时要掌握适宜的温度。有些农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温适宜的条件下施用。在温度过高或较低的时候施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，结果不能达到预期的防治效果。这是因为微生物农药只有在适宜的温度条件下，才能体现较好的生物活性，温度过高或者过低，效果都不显著。试验表明，在25℃～30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在 10℃～15℃之间的高出1到2倍。 　　
    二施用时要注意选择适宜的气候条件。微生物农药最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。如果在晴天上午10点钟到下午4点钟前施用，结果也达不到预期的防治效果，这主要是因为环境湿度不够，影响了 微生物活性所致 。　　
    三贮藏施用时要避免阳光照射。如果没有避开高温，在强太阳的中午施用，容易引起药效下降。大多数微生物活体农药，最怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此，微生物农药最好选择在上午8点以前、下午5点钟以后或者阴天使用。 　　
    四切忌在雨天施用。芽孢类微生物农药最怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。但喷施后﹙5～6小时后﹚遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防治效果，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间，避免在雨天或施用后就遭暴雨冲刷。　　
    五切忌与化学农药混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。如果与化学农药混用，活体真菌被杀致死，自然失去杀虫作用。　　
    六切忌与酸性或碱性物质混用。大多数微生物农药遇酸性或碱性物质，生物活性会不同程度降低，从而降低防治效果。