莲藕主要病虫害有腐败病、褐斑病、黑斑病、叶枯病等，虫害主要有斜纹夜蛾、莲蚜、福寿螺。坚持“预防为主、综合防治”的植保方针，优先采用“农业防治、物理防治和生物防治”措施，配套使用化学措施的原则。 
    1.病虫害防治 
    1.1腐败病。选择无病良种；实行轮作；对酸性重的土壤每亩施50—100公斤生石灰进行改良；发病时用50%的多菌灵可湿性粉剂600倍液，或70%的甲基托布津800—1000倍液喷施。 
    1.2褐斑病、叶枯病、黑斑病。发病初期用75%的百菌清600倍液，或70%的甲基托布津800—1000倍液喷施或70%代森锰锌500倍液喷施，7—10天1次，喷2—3次。 
    2.虫害防治 
    2.1斜纹夜蛾。低龄幼虫有群集的特点，进行人工除卵灭幼虫；药剂防治可选择2.5%溴氰菊酯2000倍液或3.15%阿维菌素2000倍液或50%的辛硫磷乳剂100倍液喷施。 
    2.2莲蚜。用50%的抗蚜威可湿性粉剂2000倍液或2.5%的天王星乳油1500—2000倍液或80%的敌敌畏乳油1500—2000倍液喷施。 
    2.3福寿螺。人工捡螺、除卵；每亩可用6%的密达颗粒剂50克撒施或用45%百螺敌粉剂60—70克拌细土撒施。