西瓜枯萎病是由半知菌亚门真菌，西瓜尖镰孢菌侵染所致。病菌在土壤中和未腐熟的带菌肥料中越冬，在离开寄主的情况下，能存活5－6年，部分病菌可存活10年以上。西瓜枯萎病菌主要通过根部伤口或根毛顶端细胞间隙侵入，先在寄主管壁细胞间和细胞内生长，然后进入维管束，在导管内发育，病菌分泌果胶酶和纤维素酶，分解破坏细胞，使导管内积累果胶类物质，堵塞导管，影响水分运输，引起植株萎蔫。该病主要靠含菌土壤传播，重茬种植，土壤中病菌多，病株率可达70%左右，病残体及病粪，种子亦可传病。
    防治西瓜枯萎病最有效的方法是嫁接换根，用葫芦或新土佐等高抗枯萎病的葫芦科作物做砧木嫁接西瓜品种，只要注意彻底断掉西瓜根，苗子栽植时，不使嫁接口部位与土壤接触，就会有效地防止西瓜枯萎病的发生。轮作，5年以上间隔期，最好与玉米轮作，避免连茬种植。
    药物防治有：　　
　 　
    1：使用“青枯立克”600倍液进行定植穴灌，株用量500ml左右，连灌2-3次，间隔时间为7—10天。　　
    2：将“青枯立克”60ml，复配恶霉灵30克或百菌清30克或噻菌酮25克，进行小区域漫灌，间隔5—7天再穴灌1—2次；或进行穴灌每株灌药500ml，连灌2天，5—7天再穴灌1—2次。
    备注：此阶段采取“上喷下灌”的治疗方法，防治效果更佳，在灌根的同时，将青枯立克按450倍液稀释，喷施叶片和茎基部，间隔3—5天，连喷2次，）　　
    3、种子处理：用50-66℃温水对成50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液，浸种30-40分钟，在用新高脂膜800倍液拌种形成保护膜，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。