1、杂交作物的种子。玉米、水稻、棉花、大白菜、洋葱、番茄、茄子、辣椒、胡萝卜和西瓜等不宜留作种用，因为生产上利用的以上作物的一代杂交种，具有双亲的综合优势，而从第二代开始便产生性状分离现象，生长不一致，杂交优势减退，产量降低，因此生产上杂交种子只能用一年，不能继续留种。　　
    2、在水泥地上晒过的种子。在水泥地上晒种，特别是含水量高的棉花或稻种，由于地面温度高，种子呼吸作用旺盛，导致生理机能受到破坏部分种子会变成“哑种子”（既种胚受热致死），完全失去发芽能力。　　
    3、喷过乙烯利的作物种子。乙烯利是一植物生长调节剂，容易被植物吸收，进入到植物的茎、叶、花、果细胞中。进入植物细胞后，经分解，逐渐释放出乙烯，对植物生长、发育和代谢具有调节作用，使作物增产、增收。但是用喷过乙烯利的作物种子做种，则是有害无益的。这是因为用乙烯利催熟缩短了农作物的自然成熟期，造成种胚发育不全，会严重影响种子发芽率。　　
    4、与农药化肥一同存放的种子。有的农户习惯将种子与农药化肥存放在一起，由于农药化肥均会散发有毒、有害气体，破坏种子正常的生理机能，会大大减弱种子的发芽能力，影响出苗率。　　
    5、机械损伤过的种子。如精加工包衣的棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%的棉种，易受药物侵染，对发芽率影响很大，不宜做种用。