洱海的农业面源污染控制是洱海保护工作中的一大难题。2003年的大理市耕地地力调查结果表明，在化肥农药大量应用于农业生产以后，由于长期偏施氮、磷化肥，大理市坝区农田土壤酸化和氮、磷养分富余现象已比较普遍。氮肥、磷肥等化学肥料大多是易溶于水的富营养化物质，养分含量高，供肥迅速，但易被雨水和灌水淋溶并随地表径流流入湖泊等水体，大量施用这类化学肥料必然会加重农业面源污染。与化学肥料相比，有机肥料含营养较全面，在水中的溶解性小，供肥平稳，不易被雨水和灌溉水淋溶而随地表径流流入湖泊等水体。从洱海保护的长远考虑出发，必须尽可能的减少农业面源污染。在控制农业面源污染的各种措施中，增施有机肥料应该是首选。大量试验表明,在中等肥力土壤上，施用顺风有机肥的蔬菜产量比中等化肥施用水平的习惯施肥蔬菜产量提高，并且使径流水中氮、磷流失量得到控制，是值得在蔬菜生产中推广应用的。 　　
      另外，近年来复合微生物菌剂在农业生产中的应用得到迅速发展，许多复合微生物菌剂都具有固氮、解磷、解钾等功能，可通过施用复合微生物菌剂后减少氮、磷化肥的用量，同样能达到增产和控制养分流失的作用。大量试验表明，施用哺田牌复合微生物菌剂后，虽然减少了10%氮、磷化肥的用量，但蔬菜并未减产，反而表现增产，并且使径流水中氮、磷流失量得到一定控制，同样值得在蔬菜生产中推广应用的.